Browsing by Author "Plonis, Juris"

Now showing 1 - 5 of 5
  • No Thumbnail Available
    Item
    Liquid Biopsy Based Bladder Cancer Diagnostic by Machine Learning
    (2025-02-18) Bitiņa-Barlote, Ērika; Bļizņuks, Dmitrijs; Silina, Sanda; Šatcs, Mihails; Vjaters, Egils; Lietuvietis, Vilnis; Nakazawa (Miklasevica), Miki; Plonis, Juris; Miklaševičs, Edvīns; Daneberga, Zanda; Gardovskis, Jānis; Institute of Oncology and Molecular Genetics; Department of Biology and Microbiology; Department of Surgery
    Background/Objectives: The timely diagnostics of bladder cancer is still a challenge in clinical settings. The reliability of conventional testing methods does not reach desirable accuracy and sensitivity, and it has an invasive nature. The present study examines the application of machine learning to improve bladder cancer diagnostics by integrating miRNA expression levels, demographic routine laboratory test results, and clinical data. We proposed that merging these datasets would enhance diagnostic accuracy. Methods: This study combined molecular biology methods for liquid biopsy, routine clinical data, and application of machine learning approach for the acquired data analysis. We evaluated urinary exosome miRNA expression data in combination with patient test results, as well as clinical and demographic data using three machine learning models: Random Forest, SVM, and XGBoost classifiers. Results: Based solely on miRNA data, the SVM model achieved an ROC curve area of 0.75. Patient analysis’ clinical and demographic data obtained ROC curve area of 0.80. Combining both data types enhanced performance, resulting in an F1 score of 0.79 and an ROC of 0.85. The feature importance analysis identified key predictors, including erythrocytes in urine, age, and several miRNAs. Conclusions: Our findings indicate the potential of a multi-modal approach to improve the accuracy of bladder cancer diagnosis in a non-invasive manner.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Prostatas vēža epidemioloģisko pamatrādītāju un ģenētisko pazīmju analīze Latvijā. Promocijas darba kopsavilkums
    (Rīgas Stradiņa universitāte, 2017) Plonis, Juris; Gardovskis, Jānis; Vjaters, Egils
    Prostatas vēzis pašreiz ir vispāratzīta svarīga medicīnas problēma visā pasaulē. Daudzās pasaules valstīs tieši prostatas vēzis ir līderis incidences ziņā un ir arī otrs biežākais nāves iemesls uzreiz aiz plaušu vēža. Prostatas vēzis ir morfoloģiski, ģenētiski un klīniski heterogēna slimība un tā klīniskā gaita, atbildes reakcija uz terapiju un prognoze vistiešākajā veidā ir atkarīgas no tā heterogēnās dabas. Kaut arī pasaulē ir ļoti daudz pētījumu par prostatas vēzi, un ir veikti pētījumi par prostatas vēzi Latvijā, tomēr informācija par tā epidemioloģiskajām tendencēm Latvijā ir nepilnīga un novecojusi. Lai gan ir veikti pētījumi par pārmantotā PV ģenētiskajām īpatnībām Latvijā, trūkst datu par ģimenes un sporādiskā PV salīdzinājumu pēc izdzīvotības, vecuma, T stadiju un anaplāzijas pakāpes parametriem. CHEK2 gēns piedalās šūnu reparācijā un darbojas kā tumoru supresors. CHEK2 del5395 mutācija vairākos pētījumos Centrāleiropā un Austrumeiropā tiek saistīta ar paaugstinātu prostatas vēža risku. Par CHEK2 del5395 mutācijas ietekmi uz prostatas vēža attīstību Latvijas populācijā trūkst datu. Šī pētījuma mērķis bija veikt uz populāciju balstītu pētījumu par prostatas vēža epidemioloģiskajām tendencēm Latvijā no 1990. līdz 2014. gadam, sniegt ģimenes prostatas vēža salīdzinājumu ar sporādisku prostatas vēzi Latvijā un izpētīt CHEK2 del5395 mutācijas ietekmi uz prostatas vēža attīstību Latvijā. Pētījuma rezultāti liecina, ka Latvijā no 1990. līdz 2014. gadam ir vērojams prostatas vēža incidences, prevalences un mirstības pieaugums. Vislielākais prostatas vēža incidences pieaugums ir vērojams < 60 vecuma grupā. Arī vislielākais prostatas vēža prevalences pieaugums ir vērojams < 60 vecuma grupā. Prostatas vēža mirstības samazinājums ir novērojams 70–79 un 80 + vecuma grupās. Apskatāmajā periodā uzlabojas prostatas vēža 5, 10, 15 gadu izdzīvotības rādītāji, kā arī samazinās neprecizētās (TX) stadijas īpatsvars un pieaug agrīno (T1 un T2) stadiju īpatsvars. Latvijā apskatāmajā periodā ir samazinājies pirmā gada mirušo skaits no prostatas vēža. Ģimenes prostatas vēzim tika konstatēta statistiski ticama augstāka izdzīvotība un agrāks slimības sākums nekā sporādiskajam prostatas vēzim, bet netika konstatētas atšķirības T stadijās un anaplāzijas pakāpēs. Gēna CHEK2 del5395 mutācija Latvijā ir raksturojama kā ciltstēva mutācija, bet šai mutācijai netika atrasta statistiski ticama ietekme uz prostatas vēža attīstības risku Latvijas populācijā.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Prostatas vēža epidemioloģisko pamatrādītāju un ģenētisko pazīmju analīze Latvijā. Promocijas darbs
    (Rīgas Stradiņa universitāte, 2017) Plonis, Juris; Gardovskis, Jānis; Vjaters, Egils
    Prostatas vēzis pašreiz ir vispāratzīta svarīga medicīnas problēma visā pasaulē. Daudzās pasaules valstīs tieši prostatas vēzis ir līderis incidences ziņā un ir arī otrs biežākais nāves iemesls uzreiz aiz plaušu vēža. Prostatas vēzis ir morfoloģiski, ģenētiski un klīniski heterogēna slimība un tā klīniskā gaita, atbildes reakcija uz terapiju un prognoze vistiešākajā veidā ir atkarīgas no tā heterogēnās dabas. Kaut arī pasaulē ir ļoti daudz pētījumu par prostatas vēzi, un ir veikti pētījumi par prostatas vēzi Latvijā, tomēr informācija par tā epidemioloģiskajām tendencēm Latvijā ir nepilnīga un novecojusi. Lai gan ir veikti pētījumi par pārmantotā PV ģenētiskajām īpatnībām Latvijā, trūkst datu par ģimenes un sporādiskā PV salīdzinājumu pēc izdzīvotības, vecuma, T stadiju un anaplāzijas pakāpes parametriem. CHEK2 gēns piedalās šūnu reparācijā un darbojas kā tumoru supresors. CHEK2 del5395 mutācija vairākos pētījumos Centrāleiropā un Austrumeiropā tiek saistīta ar paaugstinātu prostatas vēža risku. Par CHEK2 del5395 mutācijas ietekmi uz prostatas vēža attīstību Latvijas populācijā trūkst datu. Šī pētījuma mērķis bija veikt uz populāciju balstītu pētījumu par prostatas vēža epidemioloģiskajām tendencēm Latvijā no 1990. līdz 2014. gadam, sniegt ģimenes prostatas vēža salīdzinājumu ar sporādisku prostatas vēzi Latvijā un izpētīt CHEK2 del5395 mutācijas ietekmi uz prostatas vēža attīstību Latvijā. Pētījuma rezultāti liecina, ka Latvijā no 1990. līdz 2014. gadam ir vērojams prostatas vēža incidences, prevalences un mirstības pieaugums. Vislielākais prostatas vēža incidences pieaugums ir vērojams < 60 vecuma grupā. Arī vislielākais prostatas vēža prevalences pieaugums ir vērojams < 60 vecuma grupā. Prostatas vēža mirstības samazinājums ir novērojams 70–79 un 80 + vecuma grupās. Apskatāmajā periodā uzlabojas prostatas vēža 5, 10, 15 gadu izdzīvotības rādītāji, kā arī samazinās neprecizētās (TX) stadijas īpatsvars un pieaug agrīno (T1 un T2) stadiju īpatsvars. Latvijā apskatāmajā periodā ir samazinājies pirmā gada mirušo skaits no prostatas vēža. Ģimenes prostatas vēzim tika konstatēta statistiski ticama augstāka izdzīvotība un agrāks slimības sākums nekā sporādiskajam prostatas vēzim, bet netika konstatētas atšķirības T stadijās un anaplāzijas pakāpēs. Gēna CHEK2 del5395 mutācija Latvijā ir raksturojama kā ciltstēva mutācija, bet šai mutācijai netika atrasta statistiski ticama ietekme uz prostatas vēža attīstības risku Latvijas populācijā.
  • No Thumbnail Available
    Item
    Telomere length in Chernobyl accident recovery workers in the late period after the disaster
    (2014-11-01) Reste, Jelena; Zvigule, Gunda; Zvagule, Tija; Kurjane, Natalja; Eglite, Maija; Gabruseva, Natalija; Berzina, Dace; Plonis, Juris; Miklasevics, Edvins; Institute of Occupational Safety and Environmental Health; Rīga Stradiņš University; Onkoloģijas institūts
    The outcome of the Chernobyl nuclear power plant (CNPP) accident was that a huge number of people were exposed to ionizing radiation. Previous studies of CNPP clean-up workers from Latvia revealed a high occurrence of age-associated degenerative diseases and cancer in young adults, as well as a high mortality as a result of cardiovascular disorders at age 45-54 years. DNA tandem repeats that cap chromosome ends, known as telomeres, are sensitive to oxidative damage and exposure to ionizing radiation. Telomeres are important in aging processes and carcinogenesis. The aim of this study was to investigate the long-term effect of protracted ionizing radiation exposure on telomere length in CNPP clean-up workers. Relative telomere length (RTL) was measured in peripheral blood leukocytes of 595 CNPP clean-up workers and 236 gender- and agematched controls using real-time quantitative polymerase chain reaction (q-PCR). Close attention was paid to participation year and tasks performed during the worker's stay in Chernobyl, health status, and RTL differences between subgroups. Telomere shortening was not found in CNPP clean-up workers; on the contrary, their RTL was slightly greater than in controls (P = 0.001). Longer telomeres were found in people who worked during 1986, in those undertaking 'dirty' tasks (digging and deactivation), and in people with cancer. Shorter telomeres appeared frequently in those with cataract, osteoporosis, atherosclerosis, or coronary heart disease. We conclude that the longer telomeres revealed in people more heavily exposed to ionizing radiation probably indicate activation of telomerase as a chromosome healing mechanism following damage, and reflect defects in telomerase regulation that could potentiate carcinogenesis.
  • No Thumbnail Available
    Item
    The Analysis of Basic Epidemiology and Genetic Characteristics of Prostate Cancer in Latvia. Summary of the Doctoral Thesis
    (Rīga Stradiņš University, 2017) Plonis, Juris; Gardovskis, Jānis; Vjaters, Egils
    Prostate cancer is a common medical condition throughout the world. In many countries of the world, prostate cancer is the leading type of cancer by incidence and the second after lung cancer by mortality. Prostate cancer is morphologically, genetically, and clinically heterogeneous disease, and its clinical progress, response to therapy, and prognosis are directly dependent on its heterogeneous nature. Despite the multitude of studies devoted to prostate cancer worldwide, as well as some studies that were performed in Latvia, the information about its epidemiological trends in Latvia is incomplete and outdated. Even though studies were conducted about the genetic features of inherited prostate cancer in Latvia, insufficient comparative data are available about the familial and sporadic prostate cancer according to the criteria of survival rates, age, T stage, and tumour cell grade. The gene CHEK2 participates in cell repair and acts as a tumour suppressor. The del5395 mutation of CHEK2 has been linked to elevated risk of prostate cancer in several Central and Eastern European studies. There is a lack of data about the effect of del5395 mutation in CHEK2 on the development of prostate cancer in Latvian population. The goal of this study was to perform a population-based study of trends in prostate cancer epidemiology in Latvia between the years 1990 and 2014, to compare familial prostate cancer with sporadic prostate cancer in Latvia, and to investigate the effects of del5395 mutation in CHEK2 gene on the development of prostate cancer cases in Latvia. The study results indicate that the incidence, prevalence, and mortality due to prostate cancer in Latvia have increased from year 1990 to 2014. The largest increase in the incidence of prostate cancer was observed in the population under 60 years of age. Also, the largest increase in the prevalence of prostate cancer was observed in the population under 60 years of age. The mortality due to prostate cancer decreased in the populations that were 70–79 and 80 + years of age. The 5, 10, and 15 year survival rates improved in the considered time period, while the share of unspecified (TX) stage decreased, and the share of early stages (T1 and T2) increased. The mortality of patients in Latvia during the first year after diagnosis of prostate cancer has decreased in the considered time period. The familial type of prostate cancer had statistically significantly higher survival rate and earlier start of disease than the sporadic type of prostate cancer, but no differences were found in the T stages and the tumour cell grade. The del5395 mutation of CHEK2 gene is the common founder mutation in Latvia, but no statistically significant effect of this mutationon on the risk of prostate cancer development was identified in the Latvian population.