Browsing by Author "Nodieva, Anda"
Now showing 1 - 5 of 5
Results Per Page
Sort Options
Item Advantages of analysing both pairwise SNV-distance and differing SNVs between Mycobacterium tuberculosis isolates for recurrent tuberculosis cause determination.(2023-03-01) Sadovska, Darja; Nodieva, Anda; Pole, Ilva; Ķimsis, Jānis; Vīksna, Anda; Ozere, Iveta; Norvaiša, Inga; Bandere, Dace; Ranka, Renāte; Department of Infectology; Department of Pharmaceutical ChemistryEndogenous reactivation and exogenous reinfection are two possible causes of recurrent tuberculosis (TB). However, in some cases, precise cause determination can be challenging. In this study, we used whole genome sequencing to determine pairwise SNV distances and detect differing SNVs in initial and subsequent isolates for recurrent TB cases when the first and second episodes were caused by Mycobacterium tuberculosis ( Mtb) strains with an identical spoligotype pattern. In total, 104 Mtb isolates from 36 recurrent TB and 16 single TB episode patients were included in the study. Most isolate pairs belonged to the SIT1 (n=21), SIT42 (n=9), SIT53 (n=9), and SIT254 (n=7) spoligotypes, and in 27 cases, resistance to at least one anti-TB drug was found in either isolate. Drug susceptibility was more common in the recurrent TB patient cohort, and longitudinal single TB episode isolates were more prone to be drug-resistant (p=0.03), while the association between patient cohort and spoligotype was not statistically significant (p=0.07). The pairwise SNV-distance between the longitudinal single TB episode isolates was small (0-7 SNVs). Among the recurrent TB isolates, based on the high SNV-distance (38-273 SNVs), six reinfection cases (16.7%) were identified. This distance was small (<10 SNVs) in the remaining 30 isolate pairs. Further analysis of differing SNVs revealed that 22 (61.1%) cases could be classified as possible reactivation. Notably, despite the small distance of 2-7 SNVs, initial isolates of eight patients (22.2%) had several SNVs that were not found in the second isolates; therefore, these cases were classified as reinfection with a closely related Mtb strain. No statistically significant difference in the time interval between specimen collection in the reactivation and reinfection Mtb sample groups (p=0.13) or an association between recurrence cause and drug resistance status (p=0.62) or spoligotype (p=0.79) could be detected. The mycobacterial median mutation rate of longitudinal single TB episodes and possible reactivation isolate pairs (n=37) was 0.12 SNVs/genome/year (IQR 0-0.39), and in 18 cases (48.6%), it was equal to zero. No statistically significant differences in mutation rate were found between recurrent TB and longitudinal single TB episode isolates (p=0.087), drug-susceptible and resistant isolates (p=0.37) or isolates of Beijing and other genotype families (p=0.33). Furthermore, four cases of fluoroquinolone resistance development through the acquired SNVs in the gyrA gene were identified. To conclude, this study highlighted the complexity of recurrent episode cause determination and showed the usefulness of differing SNV identification in both Mtb isolates in such cases. Expected drug susceptibility was the only discriminative factor for recurrent TB episode-causing mycobacterial strains, while no differences between reactivation and reinfection sample groups could be identified.Item Mycobacterium tuberculosis transmisija un atkārtotu tuberkulozes gadījumu rašanās iemesli Latvijā. Promocijas darba kopsavilkums(Rīgas Stradiņa universitāte, 2012) Nodieva, Anda; Vīksna, Ludmila; Marga, OļģertsLatvija pasaulē vēl joprojām ir to valstu skaitā, kurās sastopami daudz multi-zāļu rezistenti (MR) tuberkulozes (TB) gadījumi. Lai izsekotu šo, apkārtējiem īpaši bīstamo, TB formu rašanās un izplatības apstākļus, pirmo reizi Latvijā mēs izmantojām TB molekulārās epidemioloģijas metodes, to skaitā: M.tuberculosis (MT) genotipēšanu. Veicot nesenas TB transmisijas riska analīzi laika posmā no 1995. līdz 2002. gadam, MR TB epidēmijas attīstība Latvijā bija saistīta ar nozokomiālu MR MT reinfekciju pacientiem, kuri ilgstoši TB ārstēšanu bija saņēmuši stacionāros. Tika konstatēti arī divi tam laikam raksturīgie cirkulējošie MR MT genotipi: Beijing un LAM9. Infekcijas kontroles pasākumi Latvijas TB stacionāros pakāpeniski tika ieviesti no 1997. līdz 2002. gadam, izstrādājot un ieviešot pirmo TB infekcijas kontroles programmu slimnieku hospitalizācijas vietās. Lai samazinātu TB nozokomiālās transmisijas risku: TB stacionāros stingri jāievēro infekcijas kontroles pasākumi un jāveicina TB ārstēšana ambulatori. Atkārtojot TB transmisijas riska analīzi pēc infekcijas kontroles pasākumu ieviešanas, mēs konstatējam nesenas MR TB transmisijas apjoma mazināšanos un pārliecinoši netika apstiprināts neviens nozokomiāls MR TB transmisijas gadījums. TB infekcijas kontroles pasākumu rezultātā Latvijā ir mainījusies TB epidemioloģija. Ja līdz 2002. gadam MR TB epidēmijas galvenais riska faktors bija nozokomiāla MR MT transmisija, tad pēdējos gados tā ir lielā mērā izskausta. Promocijas darbā tiek pierādīta infekcijas kontroles pasākumu, to skaitā arī ambulatorās TB slimnieku diagnostikas un ārstēšanas efektivitāte un to nepieciešamība arī turpmāk būt svarīgai sastāvdaļai Latvijas Nacionālajā tuberkulozes programmā.Item Mycobacterium tuberculosis transmisija un atkārtotu tuberkulozes gadījumu rašanās iemesli Latvijā. Promocijas darbs(Rīgas Stradiņa universitāte, 2012) Nodieva, Anda; Vīksna, Ludmila; Marga, OļģertsLatvija pasaulē vēl joprojām ir to valstu skaitā, kurās sastopami daudz multi-zāļu, tai skaitā ekstensīvi-zāļu rezistenti tuberkulozes (TB) gadījumi. Lai izsekotu šo, apkārtējiem īpaši bīstamo, TB formu rašanās un izplatības apstākļus, pirmo reizi Latvijā mēs izmantojām TB molekulārās epidemioloģijas metodes, to skaitā: M.tuberculosis (MT) spoligotipēšanu un IS 6110 RFLP tipēšanu. Veicot nesenas TB transmisijas riska analīzi laika posmā no 1995. līdz 2002. gadam, multi-zāļu rezistentas (MR) TB epidēmijas attīstība Latvijā bija saistīta ar nozokomiālu MR MT reinfekciju pacientiem, kuri ilgstoši TB ārstēšanu bija saņēmuši stacionāros. Tika konstatēti arī divi tam laikam raksturīgie cirkulējošie MR MT genotipi: Beijing un LAM9. TB infekcijas kontrole var efektīvi ierobežot nozokomiālo TB transmisiju. Infekcijas kontroles pasākumi Latvijas TB stacionāros pakāpeniski tika ieviesti jau no 1997. gada. Pilnībā to ieviešana tika pabeigta 2003. gadā, izstrādājot un ieviešot pirmo tuberkulozes infekcijas kontroles programmu slimnieku hospitalizācijas vietās. Lai samazinātu TB nozokomiālās transmisijas risku: TB stacionāros stingri jāievēro infekcijas kontroles pasākumi un jāveicina TB ārstēšana ambulatori. Atkārtojot TB transmisijas riska analīzi pēc infekcijas kontroles pasākumu ieviešanas, mēs konstatējam nesenas MR TB transmisijas apjoma mazināšanos un, atšķirībā no iepriekšējā perioda, pārliecinoši netika apstiprināts neviens nozokomiāls MR TB transmisijas gadījums. Kā papildus atradne šajā pētījumā noteikti atzīmējama 2,8% laboratorijas krusteniskās kontaminācijas konstatācija, kā arī izpratnes rašanās par MT genotipēšanas nozīmi TB diagnostikā, gadījumu vadīšanā un epidemioloģijā. TB infekcijas kontroles pasākumu rezultātā Latvijā ir mainījusies TB, tai skaitā arī MR TB epidemioloģija. Ja līdz 2002. gadam MR TB epidēmijas galvenais riska faktors bija nozokomiāla MR MT transmisija, īpaši konstatējot MR starp iepriekš ārstētiem gadījumiem, tad pēdējos gados kā zāļu jutīgas TB transmisijas riska faktori iezīmējas mājsaimniecības un sadzīves kontakti, tai skaitā bezpajumtnieku patversmēs. Promocijas darbā tiek pierādīta infekcijas kontroles pasākumu, to skaitā arī ambulatorās TB slimnieku diagnostikas un ārstēšanas efektivitāte un to nepieciešamība arī turpmāk būt svarīgai sastāvdaļai Latvijas Nacionālajā tuberkulozes programmā, lai nepieļautu TB epidemioloģiskās situācijas pasliktināšanos patreizējos grūtajos sociāli-ekonomiskajos apstākļos un arī turpmāk būtiski uzlabotu sabiedrības veselību.Item Spectrum of pncA mutations in multidrug-resistant Mycobacterium tuberculosis isolates obtained in latvia [2](2004-08) Tracevska, Tatjana; Jansone, Inta; Baumanis, Viesturs; Nodieva, Anda; Marga, Olgerts; Skenders, Girts; Department of InfectologyItem Transmission of Mycobacterium Tuberculosis and the Causes of Generation of Recurrent Tuberculosis Cases in Latvia. Summary of the Doctoral Thesis(Rīga Stradiņš University, 2012) Nodieva, Anda; Vīksna, Ludmila; Marga, OļģertsLatvia is among these countries in the world where there still are many cases of multi-drug resistant (MDR) tuberculosis (TB). To follow emergency and spread of these extremely dangerous TB forms, for the first time in Latvia we used methods for molecular epidemiology of TB, like genotyping of M.tuberculosis (MT). By providing the risk assessment of recent TB transmission from 1995 to 2002, we founded that the epidemic of MDR TB was associated with nosocomial MDR MT reinfection among patients, previously continuously treated in TB hospitals. We identified two MDR MT genotypes, i.e., Beijing and LAM9, spread in the community during that period of time. The gradual implementation of the infection control (IC) measures in TB hospitals was started in 1997 and completed by 2003 with the development of the first TB infection control plan and implementation of it in TB hospitals. To decrease the risk of nosocomial TB transmission, a strict adherence to IC measures in hospitals and ambulatory treatment is required. TB transmission risk analysis was repeated and reviewed after the implementation of IC measures when we found the decrease of range of recent MDR TB transmission and we did not find definite links among hospitalized MDR TB patients. As a result of implemented IC strategy the epidemiology of TB, especially MDR-TB, has changed. Until 2002 the most important risk factor for MDR-TB epidemic was nosocomial MDR MT transmission. After implementation of IC program, a reduction of recent transmission of MDR MT was observed. The effectiveness of TB infection control measures, including the necessity and promotion of TB diagnostics and treatment on ambulatory basis were demonstrated in this doctoral thesis an in future also it should be an important component in Latvian National TB program.