Browsing by Author "Krūmiņa, Zita"
Now showing 1 - 11 of 11
Results Per Page
Sort Options
Item Descemet Membrane Endothelial Keratoplasty: NGS Metagenomics-Optimized Tissue Preparation and Surgical Technique. Doctoral Thesis(Rīga Stradiņš University, 2021) Borroni, Davide; Krūmiņa, Zita; Giovanni, PortaTitle: Next-generation sequencing for the detection of microorganisms present in human donor corneal preservation medium. Aim: To detect the presence of microorganisms in the storage media of human donor corneas using next-generation sequencing method. Methods: Seven samples from organ culture (OC) group (Cornea Max, Eurobio, Les Ulis, France) with one control (sterile media without any cornea) and seven samples from hypothermic storage group (Cornea Cold, Eurobio) with one control were used for this study. The corneas were placed in the respective storage media for 14 days before collecting the samples. Storage media (2 mL) from each sample were collected in RNAase-free tubes and shipped for ribosomal RNA sequencing of 16S and 18S. Simultaneously, another 1 mL of media sample was used for conventional diagnostic method (CDM) using Bactec instruments. Results: In both, OC and hypothermic storage and control samples, the most abundant genera were Pseudomonas, Comamonas, Stenotrophomonas, Alcanivorax, Brevundimonas and Nitrobacter. Acidovorax, Acetobacter and Hydrogenophilus were detected mostly in the hypothermic storage group. The most abundant fungal pathogen detected belonged to the genus Malassezia, which was found in both the storage conditions. CDM was negative for microorganisms in all the samples. Conclusion: Metagenomics provides full taxonomic profiling of the detected genomic material of the organisms and thus has the potential to deliver a much wider microbiological diagnostic approach than CDM. The costs and turnaround time need to be reduced, and; the detection of viable organisms would help this technology to be introduced into routine clinical practice.Item Descemet Membrane Endothelial Keratoplasty: NGS Metagenomics-Optimized Tissue Preparation and Surgical Technique. Summary of the Doctoral Thesis(Rīga Stradiņš University, 2021) Borroni, Davide; Krūmiņa, Zita; Giovanni, PortaTitle: Next-generation sequencing for the detection of microorganisms present in human donor corneal preservation medium. Aim: To detect the presence of microorganisms in the storage media of human donor corneas using next-generation sequencing method. Methods: Seven samples from organ culture (OC) group (Cornea Max, Eurobio, Les Ulis, France) with one control (sterile media without any cornea) and seven samples from hypothermic storage group (Cornea Cold, Eurobio) with one control were used for this study. The corneas were placed in the respective storage media for 14 days before collecting the samples. Storage media (2 mL) from each sample were collected in RNAase-free tubes and shipped for ribosomal RNA sequencing of 16S and 18S. Simultaneously, another 1 mL of media sample was used for conventional diagnostic method (CDM) using Bactec instruments. Results: In both, OC and hypothermic storage and control samples, the most abundant genera were Pseudomonas, Comamonas, Stenotrophomonas, Alcanivorax, Brevundimonas and Nitrobacter. Acidovorax, Acetobacter and Hydrogenophilus were detected mostly in the hypothermic storage group. The most abundant fungal pathogen detected belonged to the genus Malassezia, which was found in both the storage conditions. CDM was negative for microorganisms in all the samples. Conclusion: Metagenomics provides full taxonomic profiling of the detected genomic material of the organisms and thus has the potential to deliver a much wider microbiological diagnostic approach than CDM. The costs and turnaround time need to be reduced, and; the detection of viable organisms would help this technology to be introduced into routine clinical practice.Item Descemeta membrānas endotēlija keratoplastika: nākamās paaudzes sekvenēšanas metagenomiski optimizētu audu sagatavošana un ķirurģijas tehnika. Promocijas darba kopsavilkums(Rīgas Stradiņa universitāte, 2021) Borroni, Davide; Krūmiņa, Zita; Giovanni, PortaPētījumā tika analizēta optimizācija, pielietojot metagenomiku radzenes audu saglabāšanā. Nosaukums: Nākamās paaudzes sekvencēšana mikroorganismu noteikšanai cilvēka donora radzenes audu saglabāšanas vidē. Mērķis: Ar nākamās paaudzes sekvencēšanas metodi noteikt mikroorganismu klātbūtni cilvēka donora radzenes audu uzglabāšanas vidē. Materiāli un metodes: Kopā tika izmantoti septiņi paraugi no orgānu kultūras (no angļu val. – organ culture (OC)) grupas (Cornea Max, Eurobio, Les Ulis, Francija) ar vienu kontroli (sterila barotne bez radzenes audiem) un septiņi paraugi no hipotermiskās uzglabāšanas grupas (Cornea Cold, Eurobio) ar vienu kontroli. Pirms paraugu savākšanas radzenes audus ievietoja attiecīgajās uzglabāšanas vietās uz 14 dienām. Uzglabāšanas vide (2 ml) no katra parauga tika ievietota mēģenēs, kas nesatur RNS-āzi, un tika nosūtīta 16S un 18S ribosomu RNS sekvencēšanai. Vienlaikus 1 ml barotnes parauga tika izmantots konvencionālajai diagnostikas metodei (no angļu val. – conventional diagnostic method (CDM)), izmantojot Bactec instrumentus. Rezultāti: Gan OC, gan hipotermiskās uzglabāšanas un kontroles paraugos visbiežāk novēroja Pseudomonas, Comamonas, Stenotrophomonas, Alcanivorax, Brevundimonas un Nitrobacter ģintis. Acidovorax, Acetobacter un Hydrogenophilus ģintis tika atklātas galvenokārt hipotermiskās uzglabāšanas grupā. Visbiežāk konstatētais sēņu patogēns piederēja Malassezia ģintij, kas tika atrasts abās uzglabāšanas vidēs. Ar CDM visi paraugi bija negatīvi attiecībā uz mikroorganismiem. Secinājumi: Metagenomika nodrošina pilnīgu taksonomisko profilu noteikto organismu genomiskajam materiālam, tādējādi sniedzot daudz plašāku mikrobioloģiskās diagnostikas pieeju nekā CDM. Metodes izmaksu un apgrozījuma laika dzīvotspējīgu organismu noteikšanai samazināšana palīdzētu šo tehnoloģiju ieviest ikdienas klīniskajā praksē.Item Genetic Factors Characterising the Clinical Course of Wilson's Disease. Summary of the Doctoral Thesis(Rīga Stradiņš University, 2020) Zariņa, Agnese; Tolmane, Ieva; Krūmiņa, ZitaThe doctoral thesis is entitled “Genetic Factors Characterising the Clinical Course of Wilson’s Disease”. Wilson’s disease (WD) is an autosomal recessive disorder of copper metabolism caused by approximately 800 allelic variants in gene ATP7B with prevalence 1 per 30 000 individuals in the Europe. WD manifestations are very different, mostly including the hepatic pathology and neurological symptoms. WD can be symptomatic at any age, but predominantly the first symptoms appear at age between five and 35 years. Although the disease is caused by various allelic variants in the ATP7B gene, studies are ongoing to explain the variability of WD clinical presentation. There are several studies on the different effects of the ATP7B gene allelic variants on the protein ATP7B function. The possible effect of other genes on the WD phenotype has been discussed as well, with the main focus on genes encoding proteins involved in copper metabolism, e.g., ATOX1 and COMMD1, as well as genes containing pathogenic variants that can influence inflammation in liver cells, e.g. HFE. WD diagnosis is based on diagnostic guidelines adapted in 2001, where reduced levels of ceruloplasmin in the blood are one of the main diagnostic criteria. Other reasons, such as allelic variants of the CP gene encoding ceruloplasmin, may also cause this change. The aim of this study was to study the genetic factors of WD, describing the spectrum and frequency of disease-causing allelic variants in Latvia, their correlation with clinical manifestations of the disease, and identifying other possible genetic factors affecting WD. Sixty-four unrelated individuals who had clinical and/or molecular confirmation of WD were analyzed in the thesis. The prevalence of WD in newborn cohorts in Latvia was estimated at about 1: 21,800 live births. Using direct sequencing of the ATP7B gene and the PCR-BiPASA method, among the Latvian WD patients 83,59 % disease causing allelic variants of the ATP7B gene were identified, the most common being c.3207C>A (p.His1069Gln). The effect of ATP7B, ATOX1, COMMD1 and HFE gene alleic variants on WD phenotype had not been established. Relation to neurological manifestations of WD by a non-moleculary confirmed genotype in the ATP7B gene was found to CP gene rs66508328 and rs11708215 variants – AA and GG genotypes.Item The phenotypic spectrum of PTCD3 deficiency(2024-09) Lāce, Baiba; Faqeih, Eissa; Kaya, Namik; Krūmiņa, Zita; Mayr, Johannes A.; Mičule, Ieva; Wright, Nathan Thompson; Achleitner, Melanie T.; AlQudairy, Hanan; Pajusalu, Sander; Stavusis, Jānis; Zayakin, Pawel; Inashkina, Inna; Department of Biology and MicrobiologyThe PTCD3 gene product (protein PTCD3 or MRPS39) forms the entry channel of the mitochondrial small ribosomal subunit and binds to single-stranded mRNA. Here, we expand on the clinical manifestations of PTCD3 pathogenic variants by describing an early-onset patient with Leigh-like syndrome and two patients with milder form of disease, with combined oxidative phosphorylation deficiency. A 34-year-old male and his 33-year-old sister both have horizontal nystagmus, pronounced rough tremor, truncal ataxia, dysmetria, spasticity and hyperreflexia. The basal respiration rate decreased significantly for the male patient and his mother (p < 0.0001) compared to the controls. The whole genome sequencing analysis revealed two heterozygous variants in the PTCD3: c.1182T>A, p.(Tyr394Ter) and c.805C>T, p.(His269Tyr). Tyr394Ter variant ablates the C-terminal half of the protein, including a significant portion of the central fold. In silico modelling for the variant His269Tyr shows that the inclusion of the slightly larger tyrosine sidechain is well tolerated, with no significant change in either the position or the movement of the surrounding area. The third case is a 9-year-old boy, who has a global developmental delay, central hypotonia, hyperreflexia and abnormal MRI. PTCD3 pathogenic variant c.538+4A>G was identified by whole exome sequencing. To test the variant's effect on splicing, an RT-PCR experiment was performed, which revealed skipping of an out-of-frame exon 7.Item Rare Inborn Errors of Metabolism in Children in Latvia. Summary of the Doctoral Thesis(Rīga Stradiņš University, 2011) Krūmiņa, Zita; Lugovska, Rita; Lāce, BaibaInborn errors of metabolism (IEM) or inherited metabolic diseases comprise a large class of genetic diseases involving disorders of metabolism. In most of the disorders, problems arise due to accumulation of substances which are toxic and it can cause acute or chronic intoxication, hypoglycaemia, or other metabolic disturbances. Clinical presentation in most cases are unspecific and in the neonatal period or during infancy could be misdiagnosed as manifestation of sepsis, birth trauma, encephalitis, sudden death syndrome or other disease. IEM individually are rare but collectively are common, and numbers of them are rising as there are improved diagnostic techniques. Data from literature suggest that risk for baby to be born with any of IEM is one in 500 newborns. It means, that in Latvia every year about 40 newborns are born with any IEM (presume that each year in Latvia there are ~20 000 newborns). There are known precise frequency for two inborn errors of metabolism in Latvia – phenylketonuria and congenital hypothyroidism due to newborn screening, which allows to diagnose precisely and to start treatment as early as possible. Those disorders, which are not included in newborn screening are more difficult to diagnose due to clinical variety. The aim of the study was to evaluate situation in Latvia in field of inborn errors of metabolism in childhood that could be detectable by selective screening. To reach this aim from 4600 patients, that were sent to Children’s University Hospital Medical Genetics Clinic during 1997 and 2010 years with unclear possible genetic pathology, later after examination, excluding chromosomal, neuromuscular and other syndromic cases, 2500 patients were sent to selective screening for IVS and out of them 108 patients had confirmed diagnose of rare inborn error of metabolism. Eighteen diseases were first time found in Latvia. The clinical and laboratory data were compared with data from other countries, calculated the prevalence of diagnosed IEM in Latvia and evaluated the problems in the diagnostic of rare inborn errors of metabolism in the state. There were worked out indications for further investigations in Medical Genetics’ clinic for patients with possible IEM. There were prepared information for doctors and medical professionals in Latvia about clinical signs and therapy during hyperamonemia and management of long-chain hydroxyacyl-CoA dehydrogenase deficiency patients in acute metabolic crisis. There were proposed actions for improving the diagnosis of rare IEM in Latvia.Item Retās iedzimtās vielmaiņas slimības bērniem Latvijā. Promocijas darba kopsavilkums(Rīgas Stradiņa universitāte, 2011) Krūmiņa, Zita; Lugovska, Rita; Lāce, BaibaIedzimtās vielmaiņas slimības (IVS ) jeb iedzimtie vielmaiņas traucējumi ir slimības, kurās enzīmu darbību traucējumu dēļ nav iespējams normāls vielmaiņas process. Kā sekas tam organismā var uzkrāties toksiski vielmaiņas starpprodukti, kas izraisa akūtu vai hronisku intoksikāciju; var būt hipoglikēmija, kā arī citi metaboli traucējumi. Klīniskie simptomi vairumā iedzimtu vielmaiņas slimību ir nespecifiski un jaundzimušo periodā var tikt kļūdaini uzskatīti par sepses, dzemdību traumas, encefalīta, pēkšņās nāves sindroma vai citu slimību izpausmēm. Lai arī vairums IVS ir retas, tomēr to kopējais skaits ir liels, un, attīstoties diagnostikas iespējām, turpina pieaugt. Pēc vadošo metabolo slimību speciālistu datiem pasaulē varbūtība, ka bērns piedzims ar kādu no IVS, ir aptuveni viens no 500 jaundzimušajiem gadā. Tātad Latvijā ar aptuveni 20.000 jaundzimušo gadā aptuveni 40 bērni ik gadus piedzimst ar kādu no IVS. Jaundzimušo skrīnings Latvijā tiek veikts divām slimībām – fenilketonūrijai un iedzimtai hipotireozei, pateicoties kam ir zināms šo slimību biežums Latvijā un ir iespēja savlaicīgai pacientu ārstēšanai. Klīnisko simptomu daudzveidība apgrūtina to IVS diagnostiku, kuras nav iekļautas jaundzimušo skrīningā. Promocijas darba mērķis bija izvērtēt situāciju reto iedzimto vielmaiņas slimību jomā bērniem Latvijā. Mērķa sasniegšanai no 4600 bērniem, kuri bija nosūtīti konsultācijai uz BKUS Medicīniskās Ģenētikas Klīniku laika periodā no 1997. gada līdz 2010. gadam ar iespējamu ģenētisku patoloģiju, pēc pacientu apskates un ģimenes un slimības anamnēzes datu savākšanas, tālākam selektīvam skrīningam uz IVS tika nosūtīti 2500 bērni. Pacienti ar hromosomālo patoloģiju, neiromuskulārām slimībām un citiem ģenētiskiem sindromiem izmeklējumā netika iekļauti. Skrīninga rezultātā tika atklāti 108 bērni ar retām IVS, kuriem veikta klīnisko simptomu un laboratorisko datu analīze, aprēķināta slimību prevalence un izvērtētas problēmas reto IVS diagnostikā Latvijā. Mūsu rezultāti tika salīdzināti ar citu valstu datiem. Latvijā pirmo reizi tika diagnosticētas 18 retās IVS. Izstrādātas indikācijas nosūtīšanai uz Medicīniskās Ģenētikas Klīniku, lai izslēgtu iespējamas IVS bērniem, vadoties pēc biežākiem mūsu analizēto pacientu klīniski laboratoriskajiem datiem. Izstrādātas informatīvas vēstules ārstiem un pacientiem par klīniku un neatliekamo palīdzību hiperamonēmijas gadījumā, terapiju metabolās krīzes laikā pacientiem ar garo ķēžu taukskābju 3-hidroksiacetilkoenzīma A dehidrogenāzes nepietiekamību. Ieteikti priekšlikumi reto IVS diagnostikas uzlabošanai Latvijā.Item Retās iedzimtās vielmaiņas slimības bērniem Latvijā. Promocijas darbs(Rīgas Stradiņa universitāte, 2011) Krūmiņa, Zita; Lugovska, Rita; Lāce, BaibaIedzimtās vielmaiņas slimības (IVS ) jeb iedzimtie vielmaiņas traucējumi ir slimības, kurās enzīmu darbību traucējumu dēļ nav iespējams normāls vielmaiņas process. Kā sekas tam organismā var uzkrāties toksiski vielmaiņas starpprodukti, kas izraisa akūtu vai hronisku intoksikāciju; var būt hipoglikēmija, kā arī citi metaboli traucējumi. Klīniskie simptomi vairumā iedzimtu vielmaiņas slimību ir nespecifiski un jaundzimušo periodā var tikt kļūdaini uzskatīti par sepses, dzemdību traumas, encefalīta, pēkšņās nāves sindroma vai citu slimību izpausmēm. Lai arī vairums IVS ir retas, tomēr to kopējais skaits ir liels, un, attīstoties diagnostikas iespējām, turpina pieaugt. Pēc vadošo metabolo slimību speciālistu datiem pasaulē varbūtība, ka bērns piedzims ar kādu no IVS, ir aptuveni viens no 500 jaundzimušajiem gadā. Tātad Latvijā ar aptuveni 20.000 jaundzimušo gadā aptuveni 40 bērni ik gadus piedzimst ar kādu no IVS. Jaundzimušo skrīnings Latvijā tiek veikts divām slimībām – fenilketonūrijai un iedzimtai hipotireozei, pateicoties kam ir zināms šo slimību biežums Latvijā un ir iespēja savlaicīgai pacientu ārstēšanai. Klīnisko simptomu daudzveidība apgrūtina to IVS diagnostiku, kuras nav iekļautas jaundzimušo skrīningā. Promocijas darba mērķis bija izvērtēt situāciju reto iedzimto vielmaiņas slimību jomā bērniem Latvijā. Mērķa sasniegšanai no 4600 bērniem, kuri bija nosūtīti konsultācijai uz BKUS Medicīniskās Ģenētikas Klīniku laika periodā no 1997. gada līdz 2010. gadam ar iespējamu ģenētisku patoloģiju, pēc pacientu apskates un ģimenes un slimības anamnēzes datu savākšanas, tālākam selektīvam skrīningam uz IVS tika nosūtīti 2500 bērni. Pacienti ar hromosomālo patoloģiju, neiromuskulārām slimībām un citiem ģenētiskiem sindromiem izmeklējumā netika iekļauti. Skrīninga rezultātā tika atklāti 108 bērni ar retām IVS, kuriem veikta klīnisko simptomu un laboratorisko datu analīze, aprēķināta slimību prevalence un izvērtētas problēmas reto IVS diagnostikā Latvijā. Mūsu rezultāti tika salīdzināti ar citu valstu datiem. Latvijā pirmo reizi tika diagnosticētas 18 retās IVS. Izstrādātas indikācijas nosūtīšanai uz Medicīniskās Ģenētikas Klīniku, lai izslēgtu iespējamas IVS bērniem, vadoties pēc biežākiem mūsu analizēto pacientu klīniski laboratoriskajiem datiem. Izstrādātas informatīvas vēstules ārstiem un pacientiem par klīniku un neatliekamo palīdzību hiperamonēmijas gadījumā, terapiju metabolās krīzes laikā pacientiem ar garo ķēžu taukskābju 3-hidroksiacetilkoenzīma A dehidrogenāzes nepietiekamību. Ieteikti priekšlikumi reto IVS diagnostikas uzlabošanai Latvijā.Item Unravelling the genetic landscape of cervical insufficiency : Insights into connective tissue dysfunction and hormonal pathways(2024-09) Voložonoka, Ludmila; Bārdiņa, Līvija; Kornete, Anna; Krūmiņa, Zita; Rots, Dmitrijs; Minkauskienė, Meilė; Rota, Adele; Strelcoviene, Zita; Vilne, Baiba; Kempa, Inga; Miskova, Anna; Gailīte, Linda; Rezeberga, Dace; Rīga Stradiņš UniversityBACKGROUND: The intricate molecular pathways and genetic factors that underlie the pathophysiology of cervical insufficiency (CI) remain largely unknown and understudied. METHODS: We sequenced exomes from 114 patients in Latvia and Lithuania, diagnosed with a short cervix, CI, or a history of CI in previous pregnancies. To probe the well-known link between CI and connective tissue dysfunction, we introduced a connective tissue dysfunction assessment questionnaire, incorporating Beighton and Brighton scores. The phenotypic data obtained from the questionnaire was correlated with the number of rare damaging variants identified in genes associated with connective tissue disorders (in silico NGS panel). SKAT, SKAT-O, and burden tests were performed to identify genes associated with CI without a priori hypotheses. Pathway enrichment analysis was conducted using both targeted and genome-wide approaches. RESULTS: No patient could be assigned monogenic connective tissue disorder neither genetically, neither clinically upon clinical geneticist evaluation. Expanding our exploration to a genome-wide perspective, pathway enrichment analysis replicated the significance of extracellular matrix-related pathways as important contributors to CI's development. A genome-wide burden analysis unveiled a statistically significant prevalence of rare damaging variants in genes and pathways associated with steroids (p-adj = 5.37E-06). Rare damaging variants, absent in controls (internal database, n = 588), in the progesterone receptor (PGR) (six patients) and glucocorticoid receptor (NR3C1) (two patients) genes were identified within key functional domains, potentially disrupting the receptors' affinity for DNA or ligands. CONCLUSION: Cervical insufficiency in non-syndromic patients is not attributed to a single connective tissue gene variant in a Mendelian fashion but rather to the cumulative effect of multiple inherited gene variants highlighting the significance of the connective tissue pathway in the multifactorial nature of CI. PGR or NR3C1 variants may contribute to the pathophysiology of CI and/or preterm birth through the impaired progesterone action pathways, opening new perspectives for targeted interventions and enhanced clinical management strategies of this condition.Item Vilsona slimības klīnisko gaitu raksturojošie ģenētiskie faktori. Promocijas darba kopsavilkums(Rīgas Stradiņa universitāte, 2020) Zariņa, Agnese; Tolmane, Ieva; Krūmiņa, ZitaVilsona slimība (VS) ir autosomāli recesīva vara vielmaiņas patoloģija ar prevalenci 1 : 30 000 Eiropā, kuru izraisa apmēram 800 dažādi alēliskie varianti ATP7B gēnā. VS klīniskās izpausmes ir ļoti dažādas, biežāk ietverot aknu bojājumu un neiroloģiskos simptomus. Vilsona slimība var izpausties jebkurā vecumā, lai gan lielākajā daļā gadījumu pirmie simptomi parādās vecumā no pieciem līdz 35 gadiem. Lai arī slimību izraisa dažādi alēliskie varianti ATP7B gēnā, turpinās pētījumi, lai izskaidrotu Vilsona slimības klīnisko izpausmju variabilitāti. Ir vairāki pētījumi par ATP7B gēna alēlisko variantu dažādo ietekmi uz olbaltumvielas ATP7B funkcijām. Tiek minēta arī citu gēnu iespējamā ietekme uz VS fenotipu. Kā VS klīnisko gaitu ietekmējošie gēni visbiežāk tiek minēti tie, kuru kodētās olbaltumvielas ir iesaistītas vara vielmaiņā, piem., ATOX1 un COMMD1 gēns, kā arī gēni, kuru patogēnie varianti var ietekmēt aknu šūnās esošo iekaisumu, piem., HFE gēns. VS diagnostika balstās uz 2001. gadā pieņemtajām diagnostikas vadlīnijām, kur viens no galvenajiem diagnostiskajiem kritērijiem ir samazināts ceruloplazmīna līmenis asinīs. Šo izmaiņu var radīt arī citi iemesli, piem., alēliskie varianti CP gēnā, kas kodē ceruloplazmīnu. Šī pētījuma mēŗkis bija izpētīt Vilsona slimības ģenētiskos faktorus, raksturojot slimību izraisošo alēlisko variantu spektru un biežumu Latvijā, to korelāciju ar slimības klīniskajām izpausmēm, kā arī identificēt citus iespējamos Vilsona slimību ietekmējošos ģenētiskos faktorus. Promocijas darba ietvaros analizēti sešdesmit četri neradnieciski indivīdi, kuriem klīniski un / vai molekulāri bija apstiprināta Vilsona slimība. Vilsona slimības prevalence jaundzimšo kohortās Latvijā tika noteikta kā apmēram 1 : 21 800 dzīvi dzimušajiem. Izmantojot ATP7B gēna tiešo sekvenēšanu un PCR-BiPASA metodi, ATP7B gēna patogēnie alēliskie varianti tika atrasti 83,59 % alēļu starp Latvijas VS pacientiem, no kuriem biežākais bija c.3207C>A (p.His1069Gln). ATP7B, ATOX1, COMMD1 un HFE gēna alēlisko variantu ietekme uz VS fenotipu netika pierādīta. Pētījumā tika atrasta CP gēna rs66508328 varianta AA un rs11708215 varianta GG genotipa saistība ar VS neiroloģiskajām izpausmēm pacientiem ar molekulāri neapstiprinātu genotipu ATP7B gēnā.Item Vilsona slimības klīnisko gaitu raksturojošie ģenētiskie faktori. Promocijas darbs(Rīgas Stradiņa universitāte, 2020) Zariņa, Agnese; Tolmane, Ieva; Krūmiņa, ZitaVilsona slimība (VS) ir autosomāli recesīva vara vielmaiņas patoloģija ar prevalenci 1 : 30 000 Eiropā, kuru izraisa apmēram 800 dažādi alēliskie varianti ATP7B gēnā. VS klīniskās izpausmes ir ļoti dažādas, biežāk ietverot aknu bojājumu un neiroloģiskos simptomus. Vilsona slimība var izpausties jebkurā vecumā, lai gan lielākajā daļā gadījumu pirmie simptomi parādās vecumā no pieciem līdz 35 gadiem. Lai arī slimību izraisa dažādi alēliskie varianti ATP7B gēnā, turpinās pētījumi, lai izskaidrotu Vilsona slimības klīnisko izpausmju variabilitāti. Ir vairāki pētījumi par ATP7B gēna alēlisko variantu dažādo ietekmi uz olbaltumvielas ATP7B funkcijām. Tiek minēta arī citu gēnu iespējamā ietekme uz VS fenotipu. Kā VS klīnisko gaitu ietekmējošie gēni visbiežāk tiek minēti tie, kuru kodētās olbaltumvielas ir iesaistītas vara vielmaiņā, piem., ATOX1 un COMMD1 gēns, kā arī gēni, kuru patogēnie varianti var ietekmēt aknu šūnās esošo iekaisumu, piem., HFE gēns. VS diagnostika balstās uz 2001. gadā pieņemtajām diagnostikas vadlīnijām, kur viens no galvenajiem diagnostiskajiem kritērijiem ir samazināts ceruloplazmīna līmenis asinīs. Šo izmaiņu var radīt arī citi iemesli, piem., alēliskie varianti CP gēnā, kas kodē ceruloplazmīnu. Šī pētījuma mēŗkis bija izpētīt Vilsona slimības ģenētiskos faktorus, raksturojot slimību izraisošo alēlisko variantu spektru un biežumu Latvijā, to korelāciju ar slimības klīniskajām izpausmēm, kā arī identificēt citus iespējamos Vilsona slimību ietekmējošos ģenētiskos faktorus. Promocijas darba ietvaros analizēti sešdesmit četri neradnieciski indivīdi, kuriem klīniski un / vai molekulāri bija apstiprināta Vilsona slimība. Vilsona slimības prevalence jaundzimšo kohortās Latvijā tika noteikta kā apmēram 1 : 21 800 dzīvi dzimušajiem. Izmantojot ATP7B gēna tiešo sekvenēšanu un PCR-BiPASA metodi, ATP7B gēna patogēnie alēliskie varianti tika atrasti 83,59 % alēļu starp Latvijas VS pacientiem, no kuriem biežākais bija c.3207C>A (p.His1069Gln). ATP7B, ATOX1, COMMD1 un HFE gēna alēlisko variantu ietekme uz VS fenotipu netika pierādīta. Pētījumā tika atrasta CP gēna rs66508328 varianta AA un rs11708215 varianta GG genotipa saistība ar VS neiroloģiskajām izpausmēm pacientiem ar molekulāri neapstiprinātu genotipu ATP7B gēnā.